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高通量测序与数据挖掘和分析

 

     高通量测序与数据挖掘和分析实训班  
2018年9月8-9日 上海 7日报到


【课程背景】

随着高通量手段的不断进步,测序和芯片的成本也逐渐降低,速度也越来越快,使用高通量手段(测序/芯片)进行科研的优点非常明显,也是大势所趋!
做过测序或者芯片实验的科研人员越来越多,虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析,比如过滤、质控比对、定量和差异等,但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析,并不能完整的讲一个故事!关键靶标基因的挖掘,并不是简单的找到差异最显著的基因。这样做的弊端是很难找到与研究方向特别相关的基因。
另外,公共数据库中也有很多和我们研究方向相关的高通量数据(测序/芯片),这些数据都是以原始数据的形式上传的,而且是免费开源的,有很多SCI文献其实都是基于公共数据库的挖掘获得创新的结果结论而发表文章的。 
因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路,从海量信息中获得自己想要的关键基因!
筛选分子靶标分析是指基于生信的方法从高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因(mRNA,miRNA,lncRNA或蛋白)。

【课程培训目标】

通过整整两天的培训,掌握数据库的使用及软件工具的操作,了解生信文献分析思路,可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析并获得结论,然后和实验结合。

【授课老师】

宋博士
成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。
培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。

【课程设置】

时间安排 课程表 介绍
第一天 9:00~10:20 生信简介 筛选靶标的过程简介
生信与实验结合的基础。
参考文献解读了解分析思路
 10:40~12:00 常用数据库及工具 常用的高通量(测序/芯片)的公共数据库
NCBI GEO数据库
EBI Array Express数据库
TCGA数据库
基因名称转换工具
转录调控分析工具
差异基因分析工具
 13:30~15:00 聚类热图分析 聚类热图的意义
聚类热图的展示方式
HEMI软件:构建聚类热图的本地软件使用操作
 15:20~17:00 功能富集分析 常用的功能富集分析工具介绍
KEGG 数据库简介
GO 数据库简介(BP, CC, MF)
通路(pathway)的简介
基因功能注释(GO ,pathway)
基因功能富集(GO ,pathway)
基因功能聚类(GO , pathway)
Pathway map图构建工具
第二天 9:00~10:20 基因/蛋白相互作用分析(PPI) 蛋白互作分析的原理和意义;
常用的蛋白互作关系的数据库介绍
单个蛋白的蛋白互作分析;
多个蛋白的蛋白互作分析;
STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等。
 10:40~12:00 网络做图软件 cytoscape软件下载安装
简介和界面初识。
逐个修改节点的属性和修改边的属性
网络展示方式更美观
网络统计分析
 13:30~15:00 网络做图软件 Cytoscape输入文件生成
批量修改节点的属性和修改边的属性
Cytoscape的常用插件:ClusterONE
Cytoscape的常用插件:BinGO
 15:20~16:30   答疑及问题解决

【主办单位】
玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司)
【承办单位】
上海玮瑜生物科技有限公司
【时间地点】
上海:2018年9月8-9日  地点:上海田林宾馆  上海市田林路1号
住宿: (可以自订酒店,不做强求,费用自理、合住学员最后出现单人无法安排的需要自补房间差价。)
上海田林宾馆:单人间(含早)380元/间、双人间380元/间
【注册费用】
2600元/人。授课期间发放纸质邀请函(盖章)和发票。按交费先后顺序确定座位号。会务期间提供午餐,晚餐自理。
【付款方式】
A:银行转账
账户名称:上海玮瑜生物科技有限公司  账户号:97340154740007035
开 户 行:上海浦东发展银行大华支行 
B:支付宝转账
收款人:wybiot@163.com 支付宝户名:上海玮瑜生物科技有限公司
C:现场刷卡或现金:支持公务卡
说明:汇款时写上您的姓名,如果朋友代付一定要注明您本人的名字,便于好查询。

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